洞穴生物根据其形态特征、生理特征和遗传性状及生活习性分为真洞穴生物和“过渡型”洞穴生物。

一、洞穴动物

    真洞穴动物是指生活在完全黑暗的洞穴深部专一洞穴生活者。生活环境单一，食物简单，生态平衡稳定。其形态特征是眼睛完全退化，体色完全退化或消失，有特殊的感应器官，对外界环境变化十分敏感。脊椎动物以盲鱼、盲鳅为典型代表；无脊椎动物的代表有：蜘蛛、蛐蜒和马陆的某些种。

    除真洞穴动物之外，还包括长期适应洞穴环境生活的“过渡型”洞穴动物。这类动物以杂食性为主，以洞穴生活，生态平衡基本稳定，眼睛和体色发生了不同程度的变异，对光不甚敏感，如蜘蛛、蟋蟀、蜈蚣等的某些种和岩燕、蝙蝠等。另外，还有些季节性不完全（洞口端）穴居动物，各器官和体色没有发生明显变化，对外界环境适应能力较强。如蛇、老鼠，地下河中的鱼虾、青蛙、田螺等。

二、洞穴植物和微生物

    在洞口和灯光照明区（游览洞穴），往往生长有能进行光合作用，性喜阴湿的植物，如草本植物、地衣、苔藓等，另外在某些沉积物表面还有霉菌生长。这些低等级的生物主要是通过空气传播和水流活动带入洞内的，其次人类和动物活动也可把它们的孢子带入洞内。